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米国中央情報局（CIA）の日本での活動は、連合国による日本占領時代にまでさかのぼる。ダグラス・マッカーサーの情報本部長であったチャールズ・ウィロビーは、「機関」として知られる日本の下部情報収集組織の設立を許可した。 これらの機関の多くには、戦犯として分類されたために粛清された人々が含まれていた。 [またCIAは、北朝鮮、千島列島、サハリンに対する情報収集活動の一環として、機関紙を利用した日本の情報収集プログラム「竹松」作戦を組織し、資金を提供した。作られた機関紙の一つ、服部卓四郎が率いる「服部グループ」は、日本のナショナリズムに反対するという理由で吉田茂首相を暗殺し、クーデターを起こす計画を企てた。
ウィロビーは、アメリカ極東軍司令部の指揮の下、2,500人を超える諜報部員を紙上で集結させた。CIAと軍情報部は、左翼活動家の鹿地亘を含む左翼活動家の違法な拉致と拷問に従事したとされる「キヤノン機関」を含む多数の超法規的機関を設立した。
CIAは、現在の日本の政治体制が形成されるための基礎作りに貢献した。中国から接収した資産の接収を幇助し、自由党の創設に資金面で関与した。また、自由党の後継政党である自由民主党が岸信介を首相に迎えるよう、影響力行使に参加した。CIAは、在日軍事施設や安全保障上の利益に関する政策について、自民党に積極的に助言していた。また、自民党への資金援助のために、タングステンの取引で「鉄の三角形」とも呼ばれる関係を構築した。自民党への資金援助に加え、CIAは日本社会党や沖縄の反米デモを積極的に破壊し、妨害したと複数の著者が主張している。
サンフランシスコ条約の調印に先立ち、二重スパイの疑いのある人物に対する「行動テクニック」をテストするため、プロジェクトBLUEBIRDの一環としてCIA工作員が日本に到着した。米国諜報機関は、M資金と総称されるいくつかの秘密資金の設立と管理に協力したとされる。M資金は、CIAの情報提供者である児玉誉士夫が、1960年に中止されたドワイト・アイゼンハワー米大統領の訪日時にヤクザの警護のために資金を提供するために使われたとされている。
CIAの前身である戦略情報局（OSS）は、太平洋戦争中、日本の植民地領土に広範な情報網を保持していた。日本の降伏文書調印後、憲兵隊施設や日本の外交施設から相当量の文書や資料が没収された。しかし、731部隊の活動など人権侵害に関する文書の多くは、日本側が破棄を命じたため、多くの文書を回収することができませんでした。日本海軍は、裕仁降伏放送（玉音放送）後、すべての戦時文書の廃棄を命じた。日本外務省も8月7日、同様にすべての書類の廃棄を命じた。戦争犯罪調査官は、日本の文書を翻訳し、日本人の被疑者に太平洋戦争への関与を問うために、翻訳者や通訳を必要とした。その結果、戦争犯罪に関わる翻訳業務に、二世の言語学者が広く活用されることになったのです。陸軍情報部と対敵情報部は、二世の翻訳者を使って、残された文書のかなりの部分を翻訳することができ、その多くは、後に極東国際軍事裁判の起訴証拠となるものでした。
共産主義の広がりを懸念したアメリカの封じ込め政策は、東アジアの共産主義者と積極的に闘うことを必要とした。この時期のアメリカの日本政策は、毛沢東主義の中国を安全保障上のパートナーとして重視する側（国民党の蒋介石は信頼性が低く腐敗しているとされた）と、日本の再軍備と安全保障上のパートナーとしての再活性を主張する側に分かれることになった。マッカーサーの政策は当初、親中派に味方し、在任中の最初の数ヶ月は日本の右翼の粛清と日本軍の復員、財閥解体などの経済改革が中心であった。この改革期間中に、軍国主義政策に関連した20万人以上の官僚が粛清され、戦争犯罪の容疑者として逮捕された。1947年になると、マッカーサー政権は、冷戦を重視するアメリカ政府の圧力により、公務員ブラックリストからの粛清を開始し、レッドパージを開始した。中国共産党による中国の喪失とその後の中ソ条約の結果、親中派はその影響力を失い、CIAとアメリカ軍情報部は日本の右翼とヤクザを協力させ支援するために必要な根拠を得たのである。
ダグラス・マッカーサーは戦略情報局（OSS）を嫌い、1950年までOSSとその後継組織であるCIAが日本で活動するのを妨げた。その結果、占領初期に行われた情報活動の多くは、軍事情報部、特に参謀第2部（G-2）に委ねられた。
機務部結成の経緯
アメリカ占領期以前、憲兵隊と特科隊は、「機関」と呼ばれる軍事情報部隊を保持していた。その中には、藤原機関（F機関）、岩畔機関、光機関、児玉誉士が率いる児玉機関が含まれていた。日本陸軍と日本海軍が日本から撤退する際、憲兵隊は解散し、日本陸軍の情報司令部はホワイトパージで徴発された。しかし、1940年代後半から1950年代初頭にかけての「逆コース」政策により、憲兵隊は解散させられ、その後、逮捕・捜査された憲兵隊幹部の大半は、太平洋戦争中の行為に対する刑事告発を免れ、釈放されている。
マッカーサーが設立した GHQ/SCAP の占領機構は、各公式組織に日本人専門家を配置し、既存の官僚機構を通さずに日常業務を遂行するのに必要な人員が不足していたのである。諜報活動に対する監視の目がないため、多くの日本人新兵は作戦に大きな柔軟性を持ち、情報収集の過程で命令に背いたり、情報を歪曲したりすることが可能であった。ウィロビーの組織は、元陸軍中将の有末精三を情報員として採用した。有末は機関銃の製造に尽力し、河辺虎四郎とともに竹松作戦の立案者となる。1945年9月、ウィロビーは有末に、社会主義革命を防ぐために日本国内の共産主義者と戦う ための秘密情報収集グループをG-2の中に設立するよう要請した。1947年になると、G-2は作戦遂行のためにますます多くの工作員を必要とし、ソ連や日本共産党に対抗するために旧日本軍や情報機関の人間を積極的に利用するようになった。軍国主義者のネットワークは、G-2との関係によって訴追を免れ、日本の右翼を強化するための不正な活動に従事する法的地位を得ることができたのである。
1948年、逆コースによって勢いづいたG-2と占領期に作られた様々な機関は、内外のスパイ・ネットワークを構築するために 2 つのプログラムを策定した。対外的な情報収集である「タケ」作戦と国内的な情報収集である「マツ」作戦は、情報資産の運用の自由度と柔軟性を大幅に高めるものであった。ウィロビーとG2は作戦の上層部を監督するだけで、現場の人員にはあまり権限を与えずに行動できるようにした。作戦そのものは、北朝鮮、サハリン、千島列島に秘密のネットワークを構築することであった。この作戦は、密輸ネットワークとペーパーカンパニーを利用して、諜報員を指定された目的地 に送り込み、そこで無線通信や他の情報源を監視するものであった。戦争犯罪の疑いをかけられながら起訴されなかった河辺虎四郎が立案したこの作戦の費用は推定1,000万円であった。
G-2やCIAによる多額の投資にもかかわらず、1951年まで作戦はさまざまな結果を生んだ。北方領土での作戦は1949年までに停滞し、日本人諜報員の不足などの問題が重なり、多くの作戦分野で連携がとれなくなった。1948年までに北朝鮮での活動は全面的に中止され、グループの焦点は台湾に移った。台湾では、機関紙は共産主義者の侵入から台湾を防衛するためのボランティアネットワークを確立し、本土奪還の計画を策定した。武松の最大の問題は、工作員の野心であった。彼らは、アメリカ政府高官との関係を良くするために、しばしば嘘や誤解を招く情報を電報で流していた。1952年までに、多くのネットワークが危険にさらされ、作戦は中止された。
主な記事 服部卓四郎と辻政信
服部機関は、逆コースで結成された機関の一つである。東条英機首相の参謀長を務めた服部卓四郎大佐は、アメリカ軍情報部との接触やグループ結成以前、占領期には部下に公文書や私信を意図的に隠すよう命じていた。服部のCIAでの活動は、日本が「民主的方法」によって再軍備されることはありえないという彼個人の信念から始まり、日本軍の再建を主張し、その機関の参謀長に任命されたのであった。服部は、任意入隊を前身とする徴兵制の復活を支持した。機関紙には「ウィロビー厩舎」と記されていることから、ウィロビー自身が機関の建設に大きく関与したと考えられている。服部と親交のあった辻は、蒋介石の中国大陸への侵攻作戦を計画する際に、このグループを利用した。辻は、バターン死の行進を煽ったことによる戦争犯罪を不起訴にしたことで、この機関に恩義を感じていた。しかし、計画の作戦内容が中国共産党に漏れたため、この計画は頓挫した。
1952年7月、服部機関は吉田茂首相を狙った暗殺計画に関与していた。服部は、吉田がかつての粛清者や日本の国粋主義者に反対していると思われていたことから嫌っていた。また、吉田ドクトリンが外敵に対する米軍の保護に過度に依存していると言って嫌っていた。この計画は、50万人の支持と国家安全保障局内の様々な派閥からの支持を得ていたと言われている。服部は、まず吉田を暗殺し、吉田のライバルである鳩山一郎を首相にするというクーデターを企てた。辻は、日本社会党の方が危険だとして服部を説得し、計画を断念させた。
プロジェクト・ブルーバードはプロジェクト・アーティチョークの一部門で、「強化された尋問」の目的で催眠を誘導するための薬物を人間に投与するマインドコントロール作戦であった。ブルーバードの開始にあたり、あるチームは1950年7月に日本へ行き、被験者を使った実験を行った。使用された被験者は二重スパイの疑いがある者たちだった。この作戦の間、機関の警備室は工作員に日本での居住と仕事の理由を隠し、公表しないように命じ、ポリグラフの仕事の一環であることを説明する偽装工作を行った。1950年10月、この作戦は北朝鮮の捕虜にも拡大され、25人の対象者が選ばれ、役が与えられた。作戦に使われた隠れ家は、神奈川県厚木市にあった。実験は、アミタール・ナトリウムなどのバルビツール酸系薬物を注射して記憶喪失を誘発するものであった。1950年に行われた実験は成功したと判断され、同庁はヨーロッパと東南アジアに拡大し、このプログラムを継続することとなった。
ニュース報道やCIAの機密解除文書では、30人のスタッフからなる「キャノン機関」の存在について繰り返し言及されている。この組織は「キャノン機関」「Z部隊」とも呼ばれる。元メンバーのハン・トポンによれば、この機関は防諜部隊によって形成され、G-2の管轄下にあった。この機関の情報収集部門は、アレン・ダレスに属していたという。ジャック・キャノン中佐が指揮を執った。本部は東京の「本郷の家」にあった。この組織は、5人の旧日本陸軍将校から成る徒党「加藤機関」と連携していた。キャノン機関は、共産中国からの情報収集が主な業務であった。諜報員には1回の海外活動で10万円から15万円の報酬が支払われた。日本、朝鮮半島、中国にまたがる諜報活動で、13人の工作員を集め、朝鮮半島にパラシュートで送り込んだと、部隊の副官ヨン・ジョンは語っている。また、諜報活動を円滑に行うために、大規模な商業船舶を保有し、様々な子会社を保有していた。諜報機関は、1952年にキャノンと全が会った吉田首相をはじめ、政府の有力者と多くのつながりを持っていた。吉田は、中央情報局（CIA）に対応する日本の機関を設立するために、彼の盟友である緒方竹虎に会うよう指示した。
この機関は、多くの左翼の失踪とその後の拷問に関与していた。対敵情報隊とキャノン機関は、ソ連の主情報局（GRU）との関係が疑われるマキシム・ターキンの元家政婦、板垣公造を拘束したとされる。板垣は以前、密輸業者が大陸と日本の間で違法な物品や人を密輸するために使用する船「港北丸」で働いていた。板垣は密輸業者から小包を渡され、興味本位で開封したところ、何者かに暴行を受け、遺棄された。樺太難民という異色の経歴を持つ板垣は、ソ連の諜報員であるとの疑惑から、アメリカ諜報機関による尋問が始まった。その後、板垣はキャノン機関に引き渡され、機関の隠れ家である岩崎邸に移された。その後、板垣は、ジャック・キャノンら工作員から、食事や睡眠を奪われ、服を脱がされ、ナイフやピストルで脅されるといったことを繰り返された。板垣は、証言の中で、日本大学を監視するために機関に入隊させられ、その後、機関の所有する密輸船の1隻の甲板員になるように命じられたと述べている。また、釜山からの朝鮮人難民を日本で取り調べるために密航したZ部隊や、拘束中に精神衰弱に陥った無名の朝鮮人男性についても説明した。その他、同機関が拘束した捕虜に対する尋問方法には、模擬処刑やその他の形態の拷問が含まれていた。
1952年、連合国による日本占領が終了し、すべての情報機関がCIAの資産として再指定されたため、キャノン機関は閉鎖された。ジャック・キャノンはその年に辞職し、それに続いて機関の職員のほとんどが辞職した。
最も悪名高いのは、左翼活動家の鹿地亘の拉致事件に関与していたことである。この事件は「鹿地亘事件」と呼ばれ、鹿地は、昭和の国家主義による迫害のため、重慶で日本人捕虜の再教育に携わっていた。鹿地は、1951年11月25日の夜、神奈川県鵠沼で米軍情報部員に拉致され、横浜の施設に収容されたと主張している。その後、ソ連のスパイであるとの嫌疑をかけられ、米国諜報機関の二重スパイになるよう迫られ、激しい尋問を受けた。梶はその後数日間、肉体的な拷問を受けながら尋問を受けた。鹿地は、キャノンから繰り返し身体的虐待を受けた後、家庭用洗剤を飲んで自殺未遂をした。自殺未遂の前に、上海の書店主で友人の内山完造に遺書を書いている。当時、鹿地は慢性結核を患っており、自殺未遂からの回復を助けるための治療が施された。その後、鹿地は渋谷区にある第二の隠れ家に移され、茅ヶ崎、沖縄へと移動していった。
1952年9月、鹿地がアメリカの情報機関によって意に反して拘束されていることを示唆する手紙が東京近郊の各報道機関に郵送された。内山は左翼議員の猪俣耕三を訪ね、鹿地の消息について情報を提供した。山田善次郎も声明を出し、猪俣はその後、警察にこの疑惑を持ち込んだ。世論の圧力により、米当局は鹿地を釈放し、東京の自宅近くの鉄道駅まで車で運んだ。この疑惑の重さから、鹿地の失踪の経緯について政府による調査が開始された。鹿地は国会の特別委員会で証言した。梶が1年以上外国に拘束されていたという主張が事実であれば、それは日本の国家主権の侵害にあたるというものであった。
その後、米国大使館は、鹿地氏がソ連の情報機関であることを認め、鹿地氏は自ら進んで米国当局に避難したと主張して、この疑惑に反論している。また、同庁の調整官であるハン・トポンは、週刊新潮の取材に対し、「鹿地は日本共産党から賄賂をもらっていた」「鹿地は自ら進んで米国の情報機関に身を寄せた」と述べている。また、東峰は、鹿地が結核の治療を受けたと言い、この疑惑は鹿地も認めている。しかし、鹿地は取材に対して「トポン工作員というのは聞いたことがない」と述べている。
主な記事 日本の戦争犯罪に対するアメリカの隠蔽工作
極東国際軍事裁判の間、アメリカ占領当局は、日本の右翼幹部数名の有罪判決に関連して、証拠を難解にするために証人を意図的に省略した。日本の官僚が犯した人道に対する犯罪を隠蔽するこのプロセスは、満州国における日本の生物兵器計画にも及んだ。1946年と1947年、国務省とアメリカ軍情報部は、731部隊の所長であった石井四郎に、この地域での731部隊の活動で研究された情報の移転に関してアメリカと取引するよう説得する圧力キャンペーンを開始した。その結果、石井は訴追を免れるために、自分が所長時代に行った人体実験の情報をアメリカの情報機関に提供するという取引をした。GHQ/SCAPと米国当局が大いに困惑する中、ソ連は生物兵器に関連する情報を得るために独自のキャンペーンを開始した。ソ連当局は、ハバロフスク戦争犯罪裁判で訴追されないよう、731部隊の元メンバーに自分たちの研究を明らかにするよう脅迫した。米国は、米軍関係者のみで尋問を行うよう強制し、日本の人体実験の実態を隠蔽して、この分野でのソ連に対する自国の研究の優位性を維持するために介入した。
